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請問，藥局拿到醫師開立的處方箋，而處方箋上的藥品為『醫師藥師藥劑生指示用藥』，且藥局也可以向健保局申請給付，請問這樣子的情況，我司出貨此藥品給藥局，是開立三聯式發票??還是開立二聯式發票??

一、按「在中華民國境內銷售貨物或勞務及進口貨物，均應依本法規定課徵加值型或非加值型之營業稅。」「提供勞務予他人，或提供貨物與他人使用、收益，以取得代價者，為銷售勞務。但執行業務者提供其專業性勞務及個人受僱提供勞務，不包括在內。」「營業人銷售貨物或勞務，應依本法營業人開立銷售憑證時限表規定之時限，開立統一發票交付買受人。但營業性質特殊之營業人及小規模營業人，得掣發普通收據，免用統一發票。」「營業人除本法另有規定外，不論有無銷售額，應以每二月為一期，於次期開始十五日內，填具規定格式之申報書，檢附退抵稅款及其他有關文件，向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額。其有應納營業稅額者，應先向公庫繳納後，檢同繳納收據一併申報。」「依第二十一條規定，查定計算營業稅額之典當業及依第二十三條規定，查定計算營業稅額之營業人，由主管稽徵機關查定其銷售額及稅額，每三個月填發繳款書通知繳納一次。」為加值型及非加值型營業稅法(以下簡稱營業稅法)第1條、第3條第2項、第32條、第35條及第40條所明定。次按「本法第三條第二項所稱執行業務者，指律師、會計師、建築師、技師、醫師、藥師、助產師（士）、醫事檢驗師（生）、程式設計師、精算師、不動產估價師、物理治療師、職能治療師、營養師、心理師、地政士、記帳士、著作人、經紀人、代書人、表演人、引水人、節目製作人、商標代理人、專利代理人、仲裁人、記帳及報稅代理業務人、書畫家、版畫家、命理卜卦、工匠、公共安全檢查人員、民間公證人及其他以技藝自力營生者。」為營業稅法施行細則第6條所規定。再按「營業稅法第1條規定，在中華民國境內銷售貨物或勞務者，應依法課徵營業稅。又依同法第3條第2項但書及同法施行細則第6條規定，藥師（藥劑生）提供之專業性勞務非屬營業稅課稅範圍。茲將有關藥師、藥劑生親自主持之藥局，其營業稅之徵免規定如左：（一）藥局如專營藥品調劑、供應業務，未兼營藥品或其他貨物銷售業務者，免辦營業登記，免課徵營業稅；惟應按其收入核定主持藥師、藥劑生之執行業務所得，依法課徵綜合所得稅。（二）藥局除經營藥品調劑、供應業務外，如兼營藥品或其他貨物銷售業務者，應依法辦理營業登記，其屬經營藥品調劑、供應業務之收入，應核定主持藥師、藥劑生之執行業務所得，依法課徵綜合所得稅；其屬銷售藥品或其他貨物之收入，應依法課徵營業稅及營利事業所得稅。（三）藥局專營或兼營藥品調劑、供應業務，依前開規定免徵營業稅者，應保存醫師處方箋及帳載等相關證明文件與資料，以供稽徵機關查核，否則，仍應依法課徵營業稅及營利事業所得稅。」「藥局依醫師處方箋調劑藥品向健保局領取之調劑費及藥品費，係屬藥局經營藥品調劑、供應業務之收入，應依本部84/03/22台財稅第841608399號函規定，核定主持藥師、藥劑生之執行業務所得，依法課徵綜合所得稅，尚無課徵營業稅及開立統一發票問題。說明：二、前開部函所稱經營藥品調劑、供應業務之收入，係指藥局依醫師處方箋從事調劑業務之收入及經調劑後藥品供應之收入。」分別為財政部84年3月22日台財稅第841608399號函及87年6月18日台財稅第871947546號函所明釋。 (二)本案如兼營藥品或其他貨物銷售業務者，應依法辦理營業登記，已辦理營業登記之營業人，如經核定使用統一發票者，依營業稅法第32條規定，應於銷售貨物或勞務時開立統一發票交付買受人，並依營業稅法第35條規定以每2月為一期，於次期開始15日內，填具規定格式之申報書，向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額；惟如其平均每月銷售額未達使用統一發票標準(20萬元)，經稽徵機關核定屬免用統一發票之小規模營業人者，於銷售貨物或勞務時得開立收據，由稽徵機關依特種稅額查定辦法查定其銷售額及稅額，並依營業稅法第40條規定每三個月填發繳款書通知繳納一次。

二、綜合所得稅部分：
(一)按「本法稱執行業務者，係指律師、會計師、建築師、技師、醫師、藥師、助產士、著作人、經紀人、代書人、工匠、表演人及其他以技藝自力營生者。」「個人之綜合所得總額，以其全年下列各類所得合併計算之……營利所得：公司股東所獲分配之股利總額、合作社社員所獲分配之盈餘總額、合夥組織營利事業之合夥人每年度應分配之盈餘總額、獨資資本主每年自其獨資經營事業所得之盈餘總額及個人一時貿易之盈餘皆屬之。公司股東所獲分配之股利總額或合作社社員所獲分配之盈餘總額，應按股利憑單所載股利淨額或盈餘淨額與可扣抵稅額之合計數計算之；合夥人應分配之盈餘總額或獨資資本主經營獨資事業所得之盈餘總額，應按核定之營利事業所得額計算之。第二類：執行業務所得：凡執行業務者之業務或演技收入，減除業務所房租或折舊、業務上使用器材設備之折舊及修理費，或收取代價提供顧客使用之藥品、材料等之成本、業務上雇用人員之薪資、執行業務之旅費及其他直接必要費用後之餘額為所得額。」為所得稅法第11條第1項、第14條第1項第1類及第2類所明定。
(二)參照財政部84年3月22日台財稅第841608399號函規定，其屬經營藥品調劑、供應業務之收入，核屬主持藥師、藥劑生之執行業務所得，應以其收入額減除成本及必要費用之餘額為所得額，若執行業務者未依法辦理結算申報，或未依法設帳記載並保存憑證，或未能提供證明所得額之帳簿文據者，102年度應依核定收入總額按下列標準計算其必要費用，但稽徵機關查得之實際所得額較依下列標準計算減除必要費用後之所得額為高者，應依查得資料核計之【藥師:20%。但全民健康保險收入(含藥費收入)為92%；全民健康保險收入已區分藥費收入及藥事服務費收入者，藥費收入為100%，藥事服務費收入為20%。】；獨資資本主經營獨資事業所得之盈餘總額，應按核定之營利事業所得額計算，將上述所得合併申報個人綜合所得稅。

三、營利事業所得稅部分：
按「納稅義務人應於每年五月一日起至五月三十一日止，填具結算申報書，向該管稽徵機關，申報其上一年度內構成綜合所得總額或營利事業收入總額之項目及數額，以及有關減免、扣除之事實，並應依其全年應納稅額減除暫繳稅額、尚未抵繳之扣繳稅額及可扣抵稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納。但依法不併計課稅之所得之扣繳稅款，及營利事業獲配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額，不得減除。」「獨資、合夥組織之營利事業應依前項規定辦理結算申報，無須計算及繳納其應納之結算稅額；其營利事業所得額，應由獨資資本主或合夥組織合夥人依第十四條第一項第一類規定列為營利所得，依本法規定課徵綜合所得稅。」「綜合所得稅納稅義務人及小規模營利事業，不適用前項催報之規定；其屆期未申報者，稽徵機關應即依查得之資料核定其所得額及應納稅額，通知依限繳納；嗣後如經稽徵機關調查另行發現課稅資料，仍應依稅捐稽徵法有關規定辦理。」為所得稅法第71條第1項及第2項、第77條所規定。次按「二、所得稅法第71條結算申報之規定，並未排除小規模營利事業之適用，故小規模營利事業仍應依同法第77條規定使用申報書辦理結算申報，其如逾期未辦理結算申報，依所得稅法第79條第2項規定，稽徵機關應依查得之資料核定其所得額。故小規模營利事業之營利事業所得稅，尚非屬稅捐稽徵法第21條第1項第2款所稱應由稅捐稽徵機關依稅籍底冊或查得資料核定課徵之稅捐，其如未於規定期間內申報者，其核課期間依據同法條第1項第3款規定，應為7年。」財政部90年3月13日台財稅第0900450615號函所明釋。